国家水稻改良中心南宁分中心于2004年8月获农业部批准建设，建设单位为广西农业科学院水稻研究所。该分中心于2007年11月竣工并投入使用，2011年5月获农业部批复进行二期建设。分中心现拥有实验室649.35平方米，种子冷藏室543.34平方米，种子加工车间401.52平方米，仪器设备77台套，此外，还拥有温室、晒场、防虫（鸟）网室、引种隔离实验圃、野生稻圃等配套设施。

分中心现有职工82人，其中科技人员72人，研究员16人，副研究员25人，博士15人，硕士37人。主要开展以下研究：1.稻种资源的收集、鉴定和创新利用；2.高产优质多抗水稻新品种选育及原种繁殖；3.水稻高产高效可持续发展的栽培技术研究；4.水稻生理研究等；5.分子育种与转基因育种研究。

分中心的建立，进一步改善了我院水稻科研条件，显著提升了我院水稻科研水平和能力。通过利用该平台，我院在种质创新利用、水稻新品种选育、高产高效栽培技术研究、分子标记辅助育种等方面已取得了显著成效，育成一批优质高产的杂交稻、常规稻以及超高产水稻品种并通过省级以上品种审定，如育成了广西第一个通过国家农业部认定的超级稻品种“桂两优2号”等。同时，大力开展了水稻种质资源和野生稻资源的创新利用，挖掘和定位了一批稻飞虱、稻瘟病和白叶枯的抗性基因，通过分子标记辅助选择，创制了一批聚合多个抗性基因的育种材料。据统计，自2008年分中心获批建设以来，分中心共育成水稻新品种46个，获得各级成果奖33项，其中“华南杂交水稻优质化育种创新及新品种选育”项目获国家科技进步二等奖。