近日，甘蔗所种质资源创新团队与广西大学联合在国际知名期刊Scientific Data（Q1，IF=9.8），在线发表题为“Construction of high-quality genomes and gene catalogue for culturable microbes of sugarcane （Saccharum spp.）”的研究论文。

甘蔗内部和周围环境的微生物对甘蔗抵抗非生物和生物胁迫至关重要，影响甘蔗的生长和发育。微生物基因组和基因序列有助于了解这些微生物的功能。本研究采集了4个甘蔗种（割手密种、大茎野生种、热带种、杂交种）的根、茎、叶和土壤共48个样品，进行微生物的分离和培养，结合纳米孔和Illumina测序技术，成功组装了第一个甘蔗可培养微生物的高质量宏基因组（MAGs）和基因目录（GCSCMs），其中包含175个物种水平的基因组分箱（SGBs）和7,771,501个非冗余基因。SGBs包括79个新的可培养细菌基因组和3个具有固氮基因簇的细菌基因组。从纳米孔测序数据中获得了4个0%污染的单支架近乎完整的环状MAGs。该研究填补了甘蔗可培养微生物基因组和基因目录的研究空白，为进一步开发利用甘蔗微生物资源提供了重要的数据支撑。

图1 甘蔗可培养微生物72 h后的生长情况。横坐标表示4个不同基因型甘蔗品种，纵坐标表示分离株的不同类型。

图2 组装SMAGs的细菌群落分布。（A）甘蔗可培养微生物的系统发育树，外圈的背景颜色代表微生物门。（B）显示185个SMAGs在不同分类水平上的分布。（C）GTDB-TK分类在各分类水平上的SMAG数量

广西大学研究生吴良、林海东为论文的共同第一作者，我院甘蔗种质资源创新团队段维兴副研究员、广西大学农学院杨细平副教授为论文的共同通讯作者。该工作获得国家重点研发计划课题、广西自然科学基金等项目支持。

 甘蔗所  段维兴供稿/供图

一审一校：黄东亮

二审二校：薛臣艺

三审三校：陆炳强