南亚所科研基地位于广西崇左市龙州县彬桥乡，地理位置优越，毗邻越南，辐射东盟，面向东南亚。气候暖和湿润，属南亚热带季风气候，四季如春，各种资源极为丰富。科研基地总面积为6582.9亩，其中建设用地约为296亩，包括各类种质资源圃、科研平台在内的科研用地为5386.9亩，其他用地面积为899.9亩。

南亚所根据科研发展布局以及功能定位，对科研基地进行精心规划，将科研基地划分为东北区、西北区、东南区、西南区4大块区，细化建成43个小块区，分区块进行管理，并配套建设有办公区、生活区、职工食堂、职工球场、蓄水塘、主干道等系列基础设施。

目前基地内建有农业部首批“热作标准化生产示范园”、农业部“龙州热带作物农业科学观测综合实验站”、农业部“南亚热带名优作物基地”、中国茶叶协会“茶叶科技示范基地”，并在2011年获批建立自治区级作物良种培育中心。现基地内收集保存有4500多份热带亚热带野生种、野生近缘种、国内外名特优新品种及濒危经济植物种质资源，设置有甘蔗脱毒健康种苗和良种繁育基地以及澳洲坚果、山黄皮、菠萝、香蕉、乌榄等热带亚热带水果种植示范基地。

依托区内外科研平台，南亚所各科研团队、课题组在基地内开展了澳洲坚果、甘蔗、茶叶、蛋黄果、木薯、油梨、苹婆等作物的研究工作，并取得优异成效，共育成并推广农作物新品种13个，获得各类科技奖62项，其中由南亚所选育出的“桂热1号”澳洲坚果新品种坚果良种种植面积在全区占比约70%以上，成为广西主推坚果品种，有力推动了广西坚果产业的发展。

进入新时代，南亚所将认真贯彻落实农科院创建“全国一流省级科研强院”的发展部署，努力抢占政策先机，坚持多元化发展方向，拓宽合作平台，做强应用研究，布局基础研究，完善学科构建，搭建更多平台，集聚发展资源，推进集育种、栽培、加工、推广、试验、示范、科普为一体的多功能综合性农业科研机构建设，努力争创“一流强所”，服务“一流强院”建设。