为进一步加快推动广西现代特色农业发展，2011年，广西自治区党委、政府决定在海南省乐东县九所镇租赁土地（租期30年， 2011年9月1日至2041年8月31日）用于建设广西农业良种海南南繁育种基地（下简称“广西南繁基地”）。基地主要面向广西区内科研事业单位、高等院校、种子生产企业等开展水稻、甘蔗、玉米、木薯、水果、蔬菜、罗非鱼等广西特色种养新品种的种质创新、杂交组配、材料加代、繁种制种等科研生产活动，并采取由广西自治区政府投资，广西农科院代建代管的方式开展相关建设和管理。

广西南繁基地总占地面积793.26亩，于2011年12月奠基动工建设，2014年底正式全面建成投入使用，2015年被纳入国家南繁核心区建设。按照“一心两轴五区”的规划要求，基地已建成基地管理服务中心（占地25亩，包括管理服务用房、南繁工作站、食堂、文化娱乐室、实验室、晒场、仓库、临工宿舍、农机具库房等配套设施）、旱地作物区（413亩）、水田作物繁育区（140亩）、水产鱼类繁育区（163亩）、温室大棚区（15亩）、良种展示区（37亩），及其大门、围墙、道路、供水配电、排灌、蓄水池、绿化等配套服务设施，基本满足科技人员开展生产科研活动的需求。

基地建成投入使用以来，一直按照“统一租地、统一规划、统一建设、统一运行、统一管理”运作原则，统筹推进南繁工作，得到国家相关部门的肯定和推荐推广，并相继制定了《基地管理试行办法》等多项管理制度，保证基地运行稳定有序。

近年来，每年有广西农业科学院、广西大学、广西水产科学研究院、广西兆和种业有限公司等20多家单位的30多个项目组在基地开展广西特色种养新品种的选育和南繁关键技术研究。多年来育成并审定多个水稻、玉米、蔬菜、罗非鱼、虾等种养新品种，创制一大批育种优良中间材料及加代繁殖育种材料，生产罗非鱼、罗氏沼虾等水产养殖种苗年产苗量达1.2亿尾、良种示范推广面积达7.5万亩以上，并研发集成多套种养新技术，为广西现代特色农业发展提供了强有力的科技支撑。