广西农业科学院微生物研究所（食用菌研究所）成立于2009年，是食药用菌和农业微生物基础及应用基础研究的省级科研机构。主要从事食药用菌种质资源收集、保存、评价和遗传育种、高质高效栽培；药用真菌有效成分分析及产品开发；农业微生物种质资源挖掘与创新利用、微生物发酵工程、功能菌剂（产品）研发、先进适用品种、技术引进、试验示范推广等。

现有在职职工37人，其中高级职称以上23人（正高职称9人），博士7人，硕士20人。柔性引进特聘专家1名；目前拥有国家食用菌产业技术体系综合试验站站长1名、国家现代农业产业技术体系广西食用菌创新团队首席专家1名、栽培与病虫害防治岗位功能专家1名。全州、宜州、田林、龙州特色作物试验站专家组组长4名。

建有广西农用微生物观测实验站、广西食用菌良种培育中心、亚热带丛枝菌根（AM）真菌资源保藏库、广西农业科学院菌物标本馆、广西农业科学院食药用菌菌种保藏中心和等科研平台。目前，保存大型真菌标本1500余份、食药用菌菌种资源500余份；保存肥效、生防等功能微生物资源2000余份，其中丛枝菌根真菌（AM菌）600余份，居全国首位。

本所先后承担国家、省部级等科研项目50多项；选育出国内首个白色大杯蕈品种、广西首个获新品种权保护云耳新品种。荣获各级奖项20余项，其中广西科技进步二等奖3项、三等奖5项、广西自然科学奖三等奖1项；颁布广西地方标准8项；获授权发明专利49项，实用新型专利33项；发表SCI论文30篇；撰写专著/编著7部。

作为中国食用菌协会副会长单位、中国菌物学会理事单位、广西食用菌协会会长单位、广西食用菌学会理事长单位，本所积极发挥服务社会的职能，积极开展和参加科技下乡活动，通过不定期举办技术培训班、现场指导等形式，积极培养实用型的人才，为广大菇农和相关企业提供科技服务，累计推广云耳、香菇、毛木耳、秀珍菇等食用菌品种（菌株）及配套技术6000万棒(包)以上。