广西农业科学院植物保护研究所下设：
行政机构：
1、办公室
2、科研科
科研团队：
1、粮食作物害虫防控团队
2、粮食作物病害防控研究团队
3、柑橘有害生物综合治理研究团队
4、果蔬病害研究团队
5、果蔬害虫研究团队
6、果树病害致灾机理与防控研究团队
7、水果害虫监测与防控团队
8、蕉类作物病害致灾机理与防控技术研究团队
9、害虫生物防治研究团队
10、入侵物种防控研究团队
11、植物病害生物防治团队
12、作物病毒病害监测与防控团队
13、作物线虫监测与防控团队
14、草害防控团队
成果转化：
1、科技成果转化中心
