何铁光：所长、党支部副书记，主持所全面工作，联系农业废弃物资源化利用研究室、绿肥研究室。
周远和：党支部书记，主抓党务、行政后勤等工作，联系耕地保育研究室。
刘永贤：副所长（正处长级），分管国际合作与交流、成果转化及分析检测中心工作，联系土壤环境修复研究室、土壤生态与高值
农业研究室、农业逆境生态调控研究室。
黄金生：副所长，分管科研、平台建设、实验室与科研基地管理，联系植物营养与肥料研究室。
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