广西农业科学院水稻研究所成立于1981年，其前身为组建于1957年的广西农科所粮食作物系，是我国最早实现杂交水稻三系配套单位之一，是全国最早开展杂交水稻优质化育种的单位，首创了丝苗型优质化育种策略，解决了“杂交稻高产不优质、优质不高产”的世界性难题，“十五”、“十一五”期间在全国农业科研机构综合科研能力评估中分别排第48位、第36位，是广西唯一进入全国100强的研究所。

现有在职职工71人，其中，科技人员61人，博士18人，硕士38人，研究员25人，副研究员26人，设有5个科室、1个中心和10个研究团队，主要从事稻种资源、水稻育种、水稻高产栽培及配套技术、成果转化等研究与应用。拥有国家“百千万”人才工程人选、国家有突出贡献中青年专家、享受国务院政府特殊津贴专家、全国粮食生产突出贡献农业科技人员、广西院士后备培养工程第一批人选、广西首批八桂学者、广西水稻创新团队首席专家、广西优秀专家等高层次人才队伍。

目前有国家水稻改良中心南宁分中心、国家种质南宁野生稻圃、国家农作物种质资源繁殖更新基地、农业部作物基因资源与种质创制科学观测试验站、广西水稻技术工程研究中心、广西农业良种培育中心、广西水稻种质资源圃、广西转基因水稻育种基地、广西水稻遗传育种重点实验室和广西水稻优质化育种研究人才小高地等20个省部级以上科研平台。

广西是稻种资源最多、类型最丰富的省区之一。我所现保存有世界公认的稻属21个野生稻种、共1.7万份材料；保存栽培稻资源2.5万份，蕴藏着丰富的抗病、抗虫、抗逆等优异基因资源。从广西稻种资源中鉴定出抗白叶枯病基因Xa-23、抗褐飞虱基因bph27、抗细菌性条斑病基因bls1等一批抗性基因资源，利用野生稻培育出桂99恢复系、桂582恢复系、桂3158恢复系、桂青野、西乡糯等品种。

建所以来，承担国家和省级科研项目600多项；获得国家科技进步奖和省（部）级科技成果奖80多项，其中国家特等发明奖、国家科技进步特等奖、一等奖、二等奖、三等奖共9项，广西科学技术特别贡献奖3项、省部级一等奖8项；获植物新品种保护110多项；发表学术论文500多篇，出版专著17部。先后育成七桂占、八桂香、油占八号、桂育11号、博优桂99、秋优1025、美优998、桂两优2号和丰田优553等210多个水稻品种通过国家和省级审（鉴）定，推广新品种、新技术累计达6亿多亩，创造了巨大的社会经济效益。