2009年2月18日，广西甘蔗研究所与崇左市人民政府、广西南宁东亚糖业集团和中国建行南宁新城支行及崇左市生产力促进中心等4个单位共同签署“崇左市蔗糖产业技术转移战略联盟合作协议书”。
2009年3月，“甘蔗生产中酒精发酵液在蔗田的环保资源化利用”通过广西科技厅组织的专家验收,并获得2009年度广西农科院科技进步一等奖。
2009年3月，“应用飞机进行甘蔗催熟增糖的技术研究与示范”通过广西科技厅组织的专家验收,并获得2009年度广西农科院科技进步一等奖。
2009年4月，广西甘蔗研究所与深圳华大基因科技有限公司签署技术开发合同，双方就甘蔗转录组进行测序分析专项技术服务方面进行合作。
2009年4月13日，广西甘蔗研究所与桂平市人民政府签订了合作共建“广西桂平市荣欣甘蔗良种繁育中心”协议，并于2010年3月28日举行基地奠基仪式。
2009年4月21日，甘蔗茎尖脱毒健康种苗技术研究与示范获广西科技厅成果鉴定，该成果鉴定结论达到了国际先进水平。
2009年4月28日至30日，农业部甘蔗品质监督检验测试中心（南宁）通过了农业部三合一评审。中心现已获得了农业部农产品质量安全检测机构审查认可、农业部产品质量监督检验测试机构审查认可和国家认监委实验室资质认定三证书，有效期从2009年6月23日至2012年6月23日。
2009年4月28日和6月3日，广西甘蔗研究所先后与广西宾阳县、田东县签署科技富民县专项行动计划技术依托单位合作方案。
2009年6月，成立甘蔗机械化应用研究室、果蔗研究室、能源甘蔗研究室（挂靠育种研究四室），甘蔗机械化应用学科研究、果蔗研究和能源甘蔗技术研究得到重点加强。
2009年6月28日，广西甘蔗研究所与意科乐生态科技有限公司签署技术合作协议。
2009年8月31日，甘蔗优良新品种桂引9号通过全国农作物鉴定委员会鉴定。
2009年9月17日下午，国家非粮生物质能源工程技术研究中心“甘蔗良种选育技术研究室、甘蔗规模栽培技术研究室、甘蔗良种繁育和规模化栽培示范基地”揭牌仪式在广西甘蔗研究所隆重举行。
2009年10月22日“甘蔗产业技术创新战略联盟”构建工作会议在广西甘蔗研究所胜利召开，广西科技厅将甘蔗产业技术创新战略联盟列为广西试点。
海南甘蔗杂交育种基地初步建成，基地面积102亩，目前正在进行科研配套设施完善工作。基地建成后将从根本上解决甘蔗品种创新源头问题，具备年提供1000个优质杂交组合花穗的能力。
2009年10月21日，隆安甘蔗区域育种基地建设项目在中越第六届中国-东盟博览会隆安县投资环境推介会暨项目签约仪式上签约。基地总面积620亩，并于2010年3月14日举行了奠基仪式，目前基地已开始投入使用中。
2009年11月4日，甘蔗育种与栽培技术国家地方联合工程研究中心获得国家发改委批准并授牌成立，该中心是我国唯一的甘蔗工程研究中心。
2009年12月7-8日，协助院里成功举办了IAPSIT国际学术研讨会，来自美国、巴西等10多个国家的120多位甘蔗国际知名专家参加了会议。
2010年1月8日，首届桂糖系列甘蔗品种推介会在柳城举行，全区糖业届相关单位参加了推介会，收效甚好。
2010年2月26日，广西甘蔗研究所与凭祥市科学技术局、凭祥市才源实业有限公司和越南凉山省长定县明庆股份有限公司共同签订了合作建设甘蔗良种示范基地协议，基地占地300亩。
2010年4月，应澳大利亚国家甘蔗试验管理局有限公司邀请，方锋学所长带队赴澳大利亚进行甘蔗科技考察和学习交流，考察了澳大利亚国家甘蔗试验管理局有限公司（BSES）及其北戴维植物研究中心，土壤化学分析中心和Meringa试验站）、位于布里斯班的CSIRO甘蔗研究实验室和昆士兰大学植物系等甘蔗研究机构，并与BSES签订了甘蔗科研合作备忘录。
2010年5月，甘蔗优良新品种桂糖29号（桂糖02-761）通过广西农作物品种审定委员会审定。
2010年5月，甘蔗优良新品种桂糖30号（桂糖02-237）通过广西农作物品种审定委员会审定。
2010年6月13日，广西桂甘科农业开发有限公司与北海市大禹水利经济开发有限公司签订广西北海市北部湾甘蔗良种繁殖推广中心合作协议书。
